5- L'ADN dans la cellule

En février 1953, deux mois avant la publication du célèbre article dans Nature, on raconte que Francis Crick aurait fait irruption dans le pub The Eagle à Cambridge en annonçant qu'il avait, avec James Watson, découvert rien de moins que le secret de la vie.

En quoi la structure de l'ADN révèle-t-elle le secret de la vie? En biologie, la fonction est souvent liée à la structure et c'est vrai plus que jamais pour l'ADN. C'est la découverte de la structure de l'ADN qui allait permettre, dans les années suivantes, de comprendre les bases moléculaires de l'hérédité.

L'ADN constitue le matériel génétique de la cellule et le matériel génétique d'un être vivant doit :

  1. Détenir l'information génétique propre à son espèce
    Comme nous le verrons, l'ordre d'enchaînement des nucléotides constitue un message, une information permettant à la cellule d'assembler dans le bon ordre les acides aminés de ses protéines. Et c'est la sorte de protéine que fabrique un être vivant qui détermine ses caractéristiques physiques.
  2. Pouvoir se reproduire avec le moins d'erreurs possibles
    À chaque fois qu'une cellule se divise en deux cellules, l'information doit être reproduite intégralement de façon à ce que chacune des deux cellules obtenues détienne l'ensemble de l'information qui était dans la cellule de départ.
  3. Pouvoir se modifier (mais pas trop)
    L'ADN n'est pas une molécule d'une stabilité à toute épreuve. Des modifications accidentelles peuvent modifier le message. Un nucléotide, par exemple, peut être remplacé par un autre ce qui modifie le message. Ce sont ces modifications qui permettent l'évolution. Sans elles, l'évolution ne serait pas possible.
  4. Pouvoir être traduit en caractéristiques physiques
    Le message contenu dans l'ADN doit pouvoir être "lu" par la cellule. Ce n'est pas tout de détenir de l'information, mais encore, cette information doit pouvoir être utilisée, elle doit pouvoir être traduite en quelque chose de concret, en protéines dans le cas de l'ADN.

Comme vous le verrez plus loin, chacune de ces propriétés fondamentales de la vie découle de la structure de l'ADN. La découverte de la structure de l'ADN a permis de comprendre sous quelle forme est l'information dans la cellule, comment cette information peut se reproduire, comment elle peut se modifier permettant ainsi l'évolution et comment elle peut être traduite en caractéristiques physiques transmissibles à travers les générations. C'était bien le secret de la vie qu'avaient découvert Crick et Watson!

 


Les cellules procaryotes ne possèdent qu'une seule molécule d'ADN. Cette molécule forme une boucle (les deux extrémités sont liées). Chez la bactérie Escherichia coli, par exemple, presque tout l'ADN de la cellule forme une grande boucle comportant près de 5 millions de paires de bases. La longueur totale de la molécule est d'environ 1,5 mm (près de 500 fois plus long que la bactérie elle-même). Cette énorme molécule contient toute l'information nécessaire à l'assemblage des quelques 4000 protéines différentes que peut fabriquer cette bactérie.
Les protéines
Sur la piste de l'ADN
Les nucléotides
La double hélice
L'ADN dans la cellule

La réplication

Le code génétique


 

La chose peut paraître paradoxale: l'ADN doit être assez instable pour changer, ce qui permet l'évolution, mais pas trop. Si l'information se modifie trop vite, la vie devient impossible puisque, généralement, les modifications accidentelles de l'ADN sont nuisibles. Si elle ne se modifie pas du tout, l'évolution devient impossible car sans changements, il n'y a pas d'évolution. Nous en reparlerons...


Sur la photo ci-contre, on peut voir une Escherichia coli qu'on a fait éclater par un choc osmotique. L'ADN de la bactérie s'est répandu autour. Le fil jaune que vous voyez correspond à une seule molécule d'ADN en forme de boucle. Notez l'échelle: une portion d'ADN d'environ la moitié de la longueur de la cellule correspond à environ 5000 paires de bases. La molécule d'ADN a donc une forme très différente de celle qu'on associe généralement à une molécule. Elle ressemble à un long fil à pêche qu'on aurait déroulé de sa bobine.

Dans la cellule eucaryote, presque tout l'ADN est contenu dans le noyau (on en trouve aussi un peu dans les mitochondries et les chloroplastes).

 

De plus, chez les eucaryotes, chaque molécule d'ADN du noyau est enroulée sur des protéines appelées histones. Chaque segment d'ADN enroulé sur ses histones forme un nucléosome. L'ensemble (ADN et histones) s'enroule à nouveau sur lui-même pour former une structure plus compacte appelée chromosome. Un chromosome humain peut contenir entre 20 et 100 millions de paires de bases. Le nombre de chromosomes par cellule est caractéristique de l'espèce. Les cellules humaines, par exemple, contiennent 46 chromosomes chacune.



L'ensemble formé par l'ADN enroulé sur 8 histones (illustrées par une petite boule sur le dessin à droite) forme ce qu'on appelle un nucléosome. Les histones H1 servent à relier les nucléosomes les uns aux autres de façon à former une structure spiralée plus compacte (voir l'illustration à droite).

Explorez la structure du nucléosome


Nucleosome Structure

Appuyez sur les boutons (petits carrés dans la fenêtre de droite) pour activer les fonctions script.

Combien y a-t-il de paires de bases (bp) dans le segment d'ADN enroulé autour des protéines de chaque nucléosome ? La réponse est dans le texte de la fenêtre de droite.

Les histones permettent à l'ADN des eucaryotes de s'enrouler en une structure plus compacte.

Lors de la mitose, les longs brins d'ADN s'enroulent pour former des structures assez grosses pour être visibles au microscope optique : les chromosomes.

Cette animation Flash illustre bien comment se fait cet enroulement.

 

Dans le noyau, l'ADN associé à ses protéines forme une substance visqueuse qu'on a appelée chromatine à la fin du XIXe siècle (on ne savait pas alors ce que c'était). Le terme vient du mot grec khrôma signifiant couleur (la chromatine du noyau a une grande affinité avec plusieurs des colorants utilisés en microscopie pour mettre en évidence les structures cellulaires).

 



L'ADN s'enroule sur des protéines appelées histones (illustrées, ici, par les petites boules). L'espèce de gros boudin spiralé que vous pouvez voir se forme par l'union des nucléosomes les uns aux autres. Si vous avez de la difficulté à comprendre ce mode de repliement, faites une recherche sur Google Images avec le terme "nucleosome". Vous trouverez de nombreuses autres illustrations.


On peut voir, surtout sur la photo de droite, la double hélice de Crick et Watson. Elle apparaît comme un mince fil. La photo de gauche est agrandie 50 000 fois et celle de droite 150 000 fois.

L'image ci-contre montre une partie d'un chromosome humain qui a été soumis à un traitement aux enzymes qui a digéré les histones associés à l'ADN. Le ruban d'ADN s'est alors déroulé autour du squelette de protéines.
L'image de droite est un agrandissement du rectangle rouge de l'image de gauche. Les structures noires plus foncées au centre de l'image de gauche correspondent à ce qui reste des histones après l'action des enzymes.


Toute l'information nécessaire pour fabriquer un humain est contenue dans 23 chromosomes. Mis bout à bout, ces 23 chromosomes formeraient un fil de plus d'un mètre de long. Ces 23 molécules d'ADN sont formées d'environ 3 milliards de paires de bases. L'ensemble de ces informations forme ce qu'on appelle le génome humain.

Petit calcul ...

Prenez un livre que vous avez près de vous (n'importe quel, ça n'a pas d'importance). Si on représentait chacune des paires de base de l'ADN par une seule lettre (A, T, C ou G; comme si on écrivait un seul brin de la molécule d'ADN), combien faudrait-il de pages du livre que vous avez choisi pour écrire tout le génome humain (les 3 milliards de paires de bases des 23 chromosomes) ?


Si on représentait chaque nucléotide par un octet (8 bits), est-ce qu'on pourrait écrire tout le génome humain sur le disque dur de votre portable?

On peut coder plus d'un nucléotide dans un octet. Combien faut-il, au minimum, de bits pour coder un nucléotide? Si on place plus d'un nucléotide par octet, quel support pourrait contenir tout le génome humain, une disquette, un CD, un DVD, plusieurs DVD?

Chez la plupart des pluricellulaires, le noyau de chacune des cellules contient deux exemplaires de chaque chromosome (un hérité du père et un hérité de la mère).


 
Chez les humains, chaque cellule possède 46 chromosomes, c'est à dire deux exemplaires de chacun des 23 chromosomes différents caractéristiques de l'espèce humaine. Pour chaque paire de chromosomes, un vient du père (il a été apporté par un spermatozoïde) et l'autre vient de la mère (il était dans l'ovule).
© Gilles Bourbonnais / Cégep de Sainte Foy