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L'ADN dans la cellule
En
février 1953, deux mois avant la publication du célèbre
article dans Nature, on raconte que Francis Crick aurait fait
irruption dans le pub The
Eagle à Cambridge en annonçant qu'il avait,
avec James Watson, découvert rien de moins que le
secret de la vie.
En
quoi la structure de l'ADN révèle-t-elle le secret
de la vie? En biologie, la fonction
est souvent liée à la structure
et c'est vrai plus que jamais pour l'ADN. C'est la découverte
de la structure de l'ADN qui allait permettre, dans les années
suivantes, de comprendre les bases moléculaires de l'hérédité.
L'ADN
constitue le matériel génétique
de la cellule et le matériel génétique
d'un être vivant doit :
- Détenir
l'information génétique propre à son espèce
Comme nous le verrons, l'ordre d'enchaînement des nucléotides
constitue un message, une information permettant à la
cellule d'assembler dans le bon ordre les acides aminés
de ses protéines. Et c'est la sorte de protéine
que fabrique un être vivant qui détermine ses caractéristiques
physiques.
- Pouvoir
se reproduire avec le moins d'erreurs possibles
À chaque fois qu'une cellule se divise en deux cellules,
l'information doit être reproduite intégralement
de façon à ce que chacune des deux cellules obtenues
détienne l'ensemble de l'information qui était
dans la cellule de départ.
- Pouvoir
se modifier (mais pas trop)
L'ADN n'est pas une molécule d'une stabilité à
toute épreuve. Des modifications accidentelles peuvent
modifier le message. Un nucléotide, par exemple, peut
être remplacé par un autre ce qui modifie le message.
Ce sont ces modifications qui permettent l'évolution.
Sans elles, l'évolution ne serait pas possible.
- Pouvoir
être traduit en caractéristiques physiques
Le message contenu dans l'ADN doit pouvoir être "lu"
par la cellule. Ce n'est pas tout de détenir de l'information,
mais encore, cette information doit pouvoir être utilisée,
elle doit pouvoir être traduite en quelque chose de concret,
en protéines dans le cas de l'ADN.
Comme vous
le verrez plus loin, chacune de ces propriétés fondamentales
de la vie découle de la structure de l'ADN. La découverte
de la structure de l'ADN a permis de comprendre sous quelle forme
est l'information dans la cellule, comment cette information peut
se reproduire, comment elle peut se modifier permettant ainsi
l'évolution et comment elle peut être traduite en
caractéristiques physiques transmissibles à travers
les générations. C'était bien le secret de
la vie qu'avaient découvert Crick et Watson!
Les cellules
procaryotes ne possèdent qu'une seule molécule
d'ADN. Cette molécule forme une boucle (les deux extrémités
sont liées). Chez la bactérie Escherichia
coli, par exemple, presque tout l'ADN de la cellule
forme une grande boucle comportant près de 5 millions
de paires de bases. La longueur totale de la molécule
est d'environ 1,5 mm (près de 500 fois plus long que la bactérie
elle-même). Cette énorme molécule contient toute
l'information nécessaire à l'assemblage des quelques
4000 protéines différentes que peut fabriquer cette
bactérie. |
La
chose peut paraître paradoxale: l'ADN doit être
assez instable pour changer, ce qui permet l'évolution,
mais pas trop. Si l'information se modifie trop vite, la
vie devient impossible puisque, généralement,
les modifications accidentelles de l'ADN sont nuisibles.
Si elle ne se modifie pas du tout, l'évolution devient
impossible car sans changements, il n'y a pas d'évolution.
Nous en reparlerons... |
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Sur
la photo ci-contre, on peut voir une Escherichia coli
qu'on a fait éclater par un choc osmotique. L'ADN de la
bactérie s'est répandu autour. Le fil jaune que
vous voyez correspond à une seule molécule d'ADN
en forme de boucle. Notez l'échelle: une portion d'ADN
d'environ la moitié de la longueur de la cellule correspond
à environ 5000 paires de bases. La molécule d'ADN
a donc une forme très différente de celle qu'on
associe généralement à une molécule.
Elle ressemble à un long fil à pêche qu'on
aurait déroulé de sa bobine.
Dans
la cellule eucaryote, presque tout l'ADN est
contenu dans le noyau (on en trouve aussi un
peu dans les mitochondries et les chloroplastes).
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De
plus, chez les eucaryotes, chaque molécule d'ADN du noyau
est enroulée sur des protéines appelées
histones. Chaque
segment d'ADN enroulé sur ses histones forme un
nucléosome. L'ensemble
(ADN et histones) s'enroule à nouveau sur lui-même
pour former une structure plus compacte appelée
chromosome. Un chromosome humain peut
contenir entre 20 et 100 millions de paires de bases. Le nombre
de chromosomes par cellule est caractéristique de l'espèce.
Les cellules humaines, par exemple, contiennent 46 chromosomes
chacune.
L'ensemble formé par l'ADN enroulé sur 8 histones
(illustrées par une petite boule sur le dessin à
droite) forme ce qu'on appelle un nucléosome.
Les histones H1 servent à relier les nucléosomes
les uns aux autres de façon à former une structure
spiralée plus compacte (voir l'illustration à
droite).
Explorez
la structure du nucléosome
Nucleosome Structure
Appuyez sur les boutons (petits carrés
dans la fenêtre de droite) pour activer les fonctions
script.
Combien y a-t-il de paires de bases (bp) dans le segment
d'ADN enroulé autour des protéines de chaque
nucléosome ? La réponse est dans le
texte de la fenêtre de droite.
Les histones permettent à l'ADN des eucaryotes
de s'enrouler en une structure plus compacte.
Lors
de la mitose, les longs brins d'ADN s'enroulent pour former
des structures assez grosses pour être visibles
au microscope optique : les chromosomes.
Cette
animation
Flash illustre bien comment se fait cet enroulement.
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Dans
le noyau, l'ADN associé à ses protéines
forme une substance visqueuse qu'on a appelée chromatine
à la fin du XIXe siècle (on ne savait pas alors
ce que c'était). Le terme vient du mot grec khrôma
signifiant couleur (la chromatine du noyau a une grande affinité
avec plusieurs des colorants utilisés en microscopie
pour mettre en évidence les structures cellulaires).
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L'ADN s'enroule sur des protéines appelées
histones (illustrées, ici, par
les petites boules). L'espèce de gros boudin spiralé
que vous pouvez voir se forme par l'union des nucléosomes
les uns aux autres. Si vous avez de la difficulté à
comprendre ce mode de repliement, faites une recherche sur Google
Images avec le terme "nucleosome". Vous trouverez
de nombreuses autres illustrations.
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On peut voir, surtout sur la photo de droite, la double hélice
de Crick et Watson. Elle apparaît comme un mince fil. La
photo de gauche est agrandie 50 000 fois et celle de droite
150 000 fois.
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L'image
ci-contre montre une partie d'un chromosome humain qui a été
soumis à un traitement aux enzymes qui a digéré
les histones associés à l'ADN. Le ruban d'ADN s'est
alors déroulé autour du squelette de protéines.
L'image de droite est un agrandissement du rectangle rouge de
l'image de gauche. Les structures noires plus foncées au
centre de l'image de gauche correspondent à ce qui reste
des histones après l'action des enzymes. |
Toute l'information
nécessaire pour fabriquer un humain est
contenue dans 23 chromosomes. Mis bout à
bout, ces 23 chromosomes formeraient un fil de plus d'un mètre
de long. Ces 23 molécules d'ADN sont formées d'environ
3 milliards de paires de bases. L'ensemble de
ces informations forme ce qu'on appelle le génome
humain.
Petit
calcul ... |
Prenez
un livre que vous avez près de vous (n'importe quel,
ça n'a pas d'importance). Si on représentait
chacune des paires de base de l'ADN par une seule lettre
(A, T, C ou G; comme si on écrivait un seul brin
de la molécule d'ADN), combien faudrait-il de pages
du livre que vous avez choisi pour écrire tout le
génome humain (les 3 milliards de paires de bases
des 23 chromosomes) ?
Si
on représentait chaque nucléotide par un octet
(8 bits), est-ce qu'on pourrait écrire tout le génome
humain sur le disque dur de votre portable?
On
peut coder plus d'un nucléotide dans un octet. Combien
faut-il, au minimum, de bits pour coder un nucléotide?
Si on place plus d'un nucléotide par octet, quel
support pourrait contenir tout le génome humain,
une disquette, un CD, un DVD, plusieurs DVD? |
Chez
la plupart des pluricellulaires, le noyau de chacune des cellules
contient deux exemplaires de chaque chromosome
(un hérité du père et un hérité
de la mère).
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Chez
les humains, chaque cellule possède 46 chromosomes,
c'est à dire deux exemplaires de chacun des
23 chromosomes différents caractéristiques
de l'espèce humaine. Pour chaque paire de chromosomes,
un vient du père (il a été apporté
par un spermatozoïde) et l'autre vient de la mère
(il était dans l'ovule). |
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©
Gilles Bourbonnais / Cégep de Sainte Foy |