Le lysozyme a été une des premières protéines dont on a pu déterminer la séquence complète. Cette enzyme abondante dans le mucus des voies respiratoires, le sang et les larmes contribue à la défense de l'organisme.

Pour en savoir plus sur son histoire et sa fonction, consultez:
Lysozyme

Faire tourner la molécule : Placez le curseur dans l'image, cliquez sur le bouton gauche de la souris et gardez-le enfoncé en déplaçant le curseur sur l'image. 

Zoom : Enfoncez la touche "Majuscule" du clavier et déplacez la souris sur l'image en maintenant le bouton gauche enfoncé.

Cliquez sur le bouton droit de la souris. Un menu apparaît.

• Display / Sticks
  On distingue un peu mieux la molécule, mais c'est encore assez confus.

• Color / AminoAcids
  Chaque acide aminé de la molécule apparaît sous une couleur différente.
  Cliquez sur un acide aminé; son nom et sa posision dans la chaîne apparaissent alors dans la ligne d'état au bas de l'écran.

• Display / Backbone
  Cette représentation ne montre que le squelette de la protéine. L'ordinateur ne montre que la liaison peptidique entre chaque acide aminé (les liaisons C-N-C-N-C-N-C....).

• Options / Display Hydrogen Bonds
  Cette option permet de faire apparaître sous forme de traits pointillés les liaisons hydrogène qui maintiennent l'intégrité de la structure tertiaire de la molécule. Ces liaisons sont plus apparentes si vous optez pour la représentation backbone.
  Cliquez de nouveau sur Options / Display Hydrogen Bonds pour supprimer cette option.

• Options / Display Disulfide Bridges
  Cette option fait apparaître les ponts disulfure entre les cystéines. L'acide aminé cystéine contient un atome de soufre, deux cystéines peuvent former une liaison covalente par l'intermédiaire de leurs atomes de soufre. Les ponts disulfures sont beaucoup plus solides que les liaisons hydrogène. Cliquez à nouveau sur Options / Display Disulfure Bridges pour les enlever.

• Display / Ribbons
  Cette option permet de faire apparaître les structures secondaires, hélices alpha et feuillets bêta, de la molécule. Ces structures deviennent encore plus apparentes si vous sélectionnez Color / Structure. Essayez aussi Display / Strands et Display / Cartoons.

• Select / Mouse Click Action / Distance
  Cette option permet de mesurer des distances dans la molécule. Cliquez sur un atome, puis sur un autre. La distance entre les deux atomes apparaît alors en Angströms dans la ligne d'état au bas de la page.
  

• Options / Stereo Display
  Deux molécules apparaissent sur l'écran. Ajustez le zoom pour qu'elles soient écartées l'une de l'autre d'un peu moins d'une largeur de molécule. Regardez au centre de l'image, entre les deux molécules et modifiez la mise au point de vos yeux comme si vous vouliez faire la mise au point sur quelque chose à courte distance de votre nez. Si tout va bien (ça prend un peu d'entraînement), vous allez voir apparaître la molécule en trois dimensions. Sans quitter l'image virtuelle des yeux, faites tourner la molécule avec la souris. Impressionnant, non?

Voir aussi:
Lysozyme for Modern/Cell Biology

Une protéine beaucoup plus grosse : la catalase.

La catalase est cette enzyme que nous avons étudiée au laboratoire. Elle est formée de quatre chaînes d'acides aminés imbriquées les unes dans les autres. Sélectionnez Display / Backbone et Color / Chain pour visualiser ces chaînes.

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Les fonctions de Chime
Vous trouverez sur ce site la descritption de l'ensemble des fonctions accessibles par le menu de Chime.

Gilles Bourbonnais Cégep de Sainte-Foy